學校前身為創建于1909年7月的晚清郵傳部上海高等實業學堂船政科，開創了中國高等航海教育的先河。歷經郵傳部高等商船學堂、吳淞商船學校、交通部吳淞商船專科學校、國立重慶商船專科學校、國立吳淞商船專科學校、上海航務學院等時期。1959年交通部組建上海海運學院，2004年經教育部批準更名為上海海事大學。2008年上海海事大學主體搬遷臨港新城。學校原為交通運輸部直屬高校，2000年劃歸上海市管理。2008年，上海市人民政府與交通運輸部簽訂協議，共建上海海事大學。
截至2021年5月，學校有臨港校區（主校區）、港灣校區、民生路高恒大廈等3個校區，其中臨港校區占地面積133萬余平方米，總建筑面積60萬平方米；設有二級辦學部門，49個本科專業；有1個國家重點（培育）學科；設有3個博士后科研流動站，4個一級學科博士點，16個一級學科碩士學位授權點，13個碩士專業學位授權類別；有本科生16000余人，各類在校研究生7200余人，留學生近600名；有專任教師1300余名。