學校前身是1946年10月創建于蘭州的國立獸醫學院。1950年，改名為西北獸醫學院；1951年，改名為西北畜牧獸醫學院；1958年，與籌建中的甘肅農學院合并成立甘肅農業大學。2012年6月，甘肅省人民政府和農業部簽署協議共建甘肅農業大學。學校從1953年開始招收研究生，是全國首批學士、碩士學位授予單位，第二批博士學位授予單位。
截至2020年12月，學校占地165萬平方米，建筑面積66萬平方米；設有23個學院（教學部），64個本科專業；擁有4個博士后科研流動站，8個一級學科博士學位授權點，1個交叉學科博士學位授權點，1個專業博士學位授權類別，18個一級學科碩士學位授權點，9個專業學位授權類別；有教職工1480人，專任教師1226人，其中高級職稱人員589人；有普通本科在校生17078人，碩士研究生2528人，博士研究生480人。