一、概念上的區(qū)別。 消毒指對病原微生物的繁殖體的致死作用，但不能殺死芽孢等全部微生物，因此消毒是不徹底的，不能代替滅菌。凡用于消毒的化學(xué)藥品稱為消毒劑，因此常稱消毒劑為化學(xué)消毒劑。 滅菌殺滅物體中所有活的微生物（含芽孢）的作用，滅菌是采用強烈的理化因素使任何物體內(nèi)外部的一切微生物永遠喪失其生長繁殖能力的措施。通常用物理方法來達到滅菌的目的。
二、處理方法的區(qū)別。 滅菌與消毒相比，要求更高，處理更難。滅菌必須選用能殺滅抵抗力最強的微生物（細菌芽孢）的物理方法或化學(xué)滅菌劑。而消毒只需選用具有一定殺菌效力的物理方法、化學(xué)消毒劑或生物消毒劑。 將滅菌的處理方法用于消毒完全沒有必要，而且還會產(chǎn)生本來可以不發(fā)生的副作用；而如果將消毒的處理方法用于滅菌,將會導(dǎo)致滅菌失敗。
三、應(yīng)用上的區(qū)別。 滅菌主要用于處理醫(yī)院中進入人體無菌組織器官的診療用品和需要滅菌的工業(yè)產(chǎn)品，消毒用于處理日常生活和工作場所的物品,也用于醫(yī)院中一般場所與物品的處理.