1、985/211側(cè)重對大學(xué)的評定，“雙一流”側(cè)重對學(xué)科的評定。
無論是“985工程”的39所大學(xué)（含國防科技大學(xué)）還是“211工程”的100多所大學(xué)，都是基于對學(xué)校綜合實力的整體評價。盡管之前也有國家重點一級學(xué)科和二級學(xué)科的評定，但社會對一所大學(xué)的整體認(rèn)知，還是只看“牌子”不看學(xué)科，影響并不大。而“一流大學(xué)建設(shè)高校”和“一流學(xué)科建設(shè)高校”，則是先有“一流學(xué)科建設(shè)高校”名單（137所），再在此基礎(chǔ)上選出“一流大學(xué)建設(shè)高校”（42所）。也就是說，先看一所大學(xué)有沒有若干個很強(qiáng)的學(xué)科（專業(yè)），再主要根據(jù)學(xué)科綜合實力來評定一所大學(xué)的強(qiáng)弱。
2、985是211的“升級版”（211包含985），“雙一流”則不存在交叉。
如果說211是重點班，985就是重點班里的重點班。“985工程”大學(xué)均為教育部或其他中央部委直管，也稱部屬高校；除985外的“211工程”大學(xué)則多為省部共建高校，地方屬性更強(qiáng)一些。但985大學(xué)都是211大學(xué)。“雙一流”則是兩個平行的評價體系。“一流大學(xué)建設(shè)高校”重在一流學(xué)科基礎(chǔ)上的學(xué)校整體建設(shè)、重點建設(shè)，全面提升人才培養(yǎng)水平和創(chuàng)新能力，共計42所，在原來39所985大學(xué)基礎(chǔ)上新增3所。“一流學(xué)科建設(shè)高校”重在優(yōu)勢學(xué)科建設(shè)，促進(jìn)特色發(fā)展，共計95所。除了之前的大部分“非985”211大學(xué)，主要增加了26所特色明顯的高校。
3、985/211是固化的標(biāo)簽，“雙一流”則是有進(jìn)有出。
雙一流計劃最根本性的不同是以學(xué)科為資助主體，且并不設(shè)終身制，每5年調(diào)整一次名單。而“985”“211”是以學(xué)校為資助主體，名單形同“終身制”，據(jù)2009年至2013年的數(shù)據(jù)顯示，“211”和“985”高校拿走了全國七成的政府科研經(jīng)費。
其他：“985”“211”高校仍最有機(jī)會，普通高校也有望翻盤。
《統(tǒng)籌推進(jìn)世界一流大學(xué)和一流學(xué)科建設(shè)實施辦法（暫行）》（以下簡稱《實施辦法》）對“雙一流”大學(xué)及學(xué)科的遴選條件作了明確規(guī)定。從這一規(guī)定可以看出，能進(jìn)入“一流大學(xué)”名單的高校，“985”、“211”依然是最有機(jī)會的，一方面它們“經(jīng)過了長期重點建設(shè)”，另一方面，這些學(xué)校因為有國家的支持，在學(xué)科建設(shè)上自然比其他高校走得更前，目前“擁有一定數(shù)量國內(nèi)領(lǐng)先、國際前列的高水平學(xué)科”的高校還是集中在“211”、特別是“985”高校。不過正如前文所提到的“雙一流”與“985”、“211”的區(qū)別，“雙一流”以學(xué)科為資助主體，這也意味著在雙一流的游戲規(guī)則下，一些高校完全有可能憑借一兩個優(yōu)勢學(xué)科迅速崛起，而一些原來的“985”、“211”高校也可能被排除在“雙一流”之外。