學校前身是1926年5月創辦的上海東南醫學院。1949年底，響應中共中央華東局“面向農村，走向內地”的號召，東南醫學院內遷安徽省，成為安徽省第一所高等醫科院校。1952年改名為安徽醫學院。1985年更名安徽醫科大學。
學校現有梅山路、翡翠路、第四臨床醫學院、巢湖臨床醫學院、阜陽臨床醫學院等5個校（院）區，校園占地面積2086畝，建筑面積73.85萬平方米，教學科研設備總值6.63億元；有20個直屬教學機構，13所直屬附屬醫院，7所非直屬附屬醫院；在職教職醫護員工（含直屬附院）15163人；全日制在校生20367人，其中普通本科生14631人，碩士研究生4906人，博士研究生411人，留學生419人；有40個本科專業；有4個博士后科研流動站，4個一級學科博士點，44個二級學科博士點，1個專業學位博士點，13個一級學科碩士點，76個二級學科碩士點，8個專業學位碩士點；擁有1個國家重點學科。