福建醫(yī)科大學(xué)前身是創(chuàng)辦于1937年的福建省立醫(yī)學(xué)專(zhuān)科學(xué)校，1939年改名為福建省立醫(yī)學(xué)院，1949年改稱(chēng)福建醫(yī)學(xué)院，1969年與福建中醫(yī)學(xué)院、華僑大學(xué)醫(yī)療系合并，成立福建醫(yī)科大學(xué)。1982年更名為福建醫(yī)學(xué)院，1996年4月更名為福建醫(yī)科大學(xué)。2003年，被福建省人民政府確定為重點(diǎn)建設(shè)高校，同年以良好的成績(jī)通過(guò)了教育部本科教學(xué)工作水平評(píng)估。
截至2020年7月，學(xué)校有上街、臺(tái)江2個(gè)校區(qū)，規(guī)劃占地約1500畝；設(shè)有21個(gè)學(xué)院（部），28個(gè)本科專(zhuān)業(yè)；有博士后科研流動(dòng)站2個(gè)，博士后工作站4個(gè)，一級(jí)學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)6個(gè)，博士專(zhuān)業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)2個(gè)，一級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)8個(gè)。碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位授權(quán)點(diǎn)6個(gè)；有教職醫(yī)護(hù)員工11900多人（含附屬醫(yī)院），在校全日制學(xué)生16000多人；有專(zhuān)任教師1595人，其中具有博士學(xué)位教師占43.7%，教授505人，副教授610人；學(xué)校博士點(diǎn)總數(shù)位居全國(guó)獨(dú)立設(shè)置醫(yī)學(xué)院校（含軍隊(duì)院校）第8名；有國(guó)家級(jí)重點(diǎn)學(xué)科（專(zhuān)科）12個(gè)，省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科（專(zhuān)科）56個(gè)；擁有72個(gè)省部級(jí)科研平臺(tái)；擁有6所直屬附屬醫(yī)院，5所臨床醫(yī)學(xué)院，15所非直屬附屬醫(yī)院，23所臨床教學(xué)醫(yī)院。