1、概念不同
今文學派是兩漢間以儒家經書研究而形成的學派，它的出現需溯源至秦始皇的思想政策。今文經，則指漢初由老儒背誦，口耳相傳的經文與解釋，由弟子用當時的隸書(今文)記錄下來的經典。
古文經學，是經學中研究古文經籍的學術流派。與“今文經學”相對。古文經，指秦始皇統一中國以前的儒家經書。
2、形成方式不同
今文經指漢初由儒生口傳，并用當時流行的隸書記錄下來的經籍。
古文經指漢代前期從民間征集或孔子故宅壁間所發現的用先秦古籀文字寫成的經籍。
3、對孔子態度不同
今文經學認為六經皆孔子所作，視孔子為托古改制的“素王”；注重闡發經文的“微言大義”，主張通經致用；以董仲舒、何休等為代表，最重《春秋公羊傳》。
古文經學崇奉周公，視孔子為“述而不作，信而好古”的先師；偏重訓詁，與現實政治問題聯系較弱；以劉歆、賈逵等為代表，最重《周禮》。
4、經典順序不同
今文經學視孔子為教育家、思想家，所以將五經順序定為《詩》、《書》、《禮》、《易》、《春秋》，由淺入深；古文經學視孔子為史學家，將五經順序定為《易》、《書》、《詩》、《禮》、《春秋》，按時間順序排列。錢穆先生認為今古文經學之爭始于利益之爭，當是定論之言。
5、興盛衰落不同
漢武帝所立五經博士皆為今文經學，今文經學長期壟斷漢代官學。后今文經學逐漸陷入了僵化和煩瑣，且又與讖緯結合，流于妄誕，西漢后期見衰。
古文經學卻不斷發展壯大，王莽當政時一度得立學官，東漢后期逐成壓倒今文經學之勢。
漢末，古文經學家馬融、鄭玄兼采今、古文之說，今、古文之爭遂息。至清代，今、古文經學之爭再起，古文經學的治學路數為乾嘉學派和章太炎等所發揚，今文經學則為常州學派所復興，并最終成為康有為推動變法維新的理論依據。
今文經學的影響
自從經學研究成為官方肯定的專業學問之后，就已顯示了政府與學者都將以之為政治措施的觀念來源，而這也正是先秦以來的儒家學派的根本關懷，然而在今文經學家的學術風氣上，尤其以董仲舒的春秋學理論建構肇其端，既重視春秋中微言大義的引申于時政之上，又強調天人感應之神學目的論世界觀，在配合了西漢宗教迷信發達的時代風氣之下，今文經學家的理論遂提供了讖緯迷信之術的發展空間。
同時在對政治措施的影響方式上，逐漸與讖緯神學合匯，尤其是王莽與劉秀在奪取政權之際皆公開利用，甚至將若干讖語編為官書明白昭告，都是使讖緯之術發達的因素，這樣的政治風氣顯然不是歷史的常道。
今文經學的這種研究風氣，直至東漢末年經學大師鄭玄等融合今古文經學的學風出現后而告中斷，而讖語之術雖經兩漢以后歷朝的明令禁止，卻仍保留在道教傳統中，以各種不同形式的神學迷信方式，持續地影響著中國的政治歷史。