草履蟲的全身都是由一個細胞逐漸起來，身體的表面上可以看到一層膜，在膜上可以看到很多的纖毛，依靠纖毛進行劃動，還可以在水里運動。在它的身邊一邊，可以看到一條凹入的小溝，這種就是口溝，也能說是草履蟲的嘴巴，在口溝里面會有很密長的纖毛。
草履蟲的形態特征：
草履蟲Paramecium是纖毛綱的代表種，也是原生動物的代表種。體長只有80～300微米。草履蟲生活在淡水中，一般池沼，小河中都可采到。世界已知22種，常見有大草履蟲（長180～300微米）、雙小核草履蟲（長80～170微米，伸縮泡2個，有兩個小核，很小）、多小核草履蟲（長180～310微米，有時有3個伸縮泡，小核泡型，有3～12個）、綠草履蟲（體長80～150微米，細胞質內有綠藻共生，在見光處培養后通體呈綠色，小核1個，致密型）。
草履蟲一般呈長圓筒形，前端鈍圓，后端寬而略尖，形狀似倒置的草鞋，因此得名。草履蟲全身長滿縱行排列的纖毛，纖毛和鞭毛的結構基本相同。蟲體的表面為表膜，由3層膜組成，起到緩沖和保護作用，里面的細胞質分化為內質與外質。每一根纖毛從位于表膜下的一個基體發出來，整個表膜下的基體由縱橫連接的小纖維連接成網，起到協調纖毛活動的作用。
表膜下的外質中有一排小桿狀的囊泡結構，與表膜垂直排列，叫做刺絲泡，開口于表膜上，當蟲體遇到刺激時，刺絲泡射出其內容物，遇水形成細絲。草履蟲有很迅速的應激性，如用5%亞甲基藍、稀醋酸或墨水刺激時，可見放出刺絲。一般認為刺絲泡具有防衛和捕食的作用。