2002年3月，經教育部批準，原合肥聯合大學和合肥教育學院、合肥師范學校合并組建合肥學院。2017年2月，合肥大學正式啟動籌建。
截至2017年4月，該校共設有合肥學院建筑工程系、合肥學院生物與環境工程系、合肥學院化學與材料工程系、合肥學院計算機科學與技術系、合肥學院電子信息與電氣工程系、合肥學院機械工程系、合肥學院數學與物理系、合肥學院藝術設計系、合肥學院中國語言文學系、合肥學院經濟系、合肥學院教育系、合肥學院外國語言系、合肥學院管理系、合肥學院旅游系、馬克思主義學院、公共體育教學部、基礎教學與實驗中心、繼續教育學院等14個教學系和4個教學單位。