“全國重點大學”的由來，要追溯到上世紀50-60年代。
1959年，當時國家下發的有關文件中將中國人民大學、北京大學、清華大學、中國科技大學等20所高校確定為全國重點大學。
1960年增加了44所大學為重點大學。
1978年，國務院確定北京大學、清華大學等88所大學為全國重點大學。
上世紀末，經過高校管理體制的調整，我國高校形成了中央和省級政府兩級管理，以省級政府統籌管理為主的新體制。
除少數關系國家發展全局的高校以及行業特殊性強的高校繼續由國務院委托教育部和其他少數部門管理外，多數高校由地方管理或以地方管理為主。而“全國重點大學”的提法政府官方也不再使用。建國以來國家歷次所確定的重點大學多為教育部直屬高校。