1.民辦高校是按照民辦教育促進法設立的，而獨立學院是教育部行政規章設立的。獨立學院一定是本科，而民辦高校專本科都有。
2.獨立學院的舉辦方一定是普通高校，合作方是社會力量，而民辦則只有社會力量作為舉辦者，這是區分兩者的最簡單的一點。
3.民辦就是有自己的校名，自己組織機構，自己的師資，自己的校園，自己獨立頒發畢業證書。
4.獨立學院一般設在某個大學名下。比如山西大學商務學院，海南大學三亞學院等，這些學院，可能和掛名的大學同在一個校園，也可能有師資等方面的共享和交流，而民辦學院沒有這方面的優勢。
兩者都是企業法人性質，有獨立的財政體系，自付盈虧，處于全部自費狀態。
5.獨立學院可以畢業時，如果成績好可以推薦使用掛名院校的畢業證。這種畢業證可能也略有差別。比如北大本校畢業生領取紅色的畢業證，而獨立學院的北大畢業證是藍色的。