創辦時間不同：南京師范大學是在原南京大學、公立金陵大學等有關院系的基礎上組建南京師范學院，1984年改辦成南京師范大學。金陵女子學院成立于1987年。
院系不同：南京師范大學主要院系有文學院、數學科學學院、外國語學院、教育科學學院等。南京師范大學金陵女子學院是會計與財務管理系、勞動與社會保障系、食品科學與營養系、英語系、女性學系等。
材料補充：
1、南京師范大學（Nanjing Normal University），簡稱“南師”，是國家“世界一流學科建設高校”，國家“211工程”首批重點建設高校，江蘇高水平大學建設高校；入選國家“111計劃”、卓越教師培養計劃、卓越法律人才教育培養計劃、國家建設高水平大學公派研究生項目、中國政府獎學金來華留學生接收院校、國家大學生文化素質教育基地，是中國高等師范教育的發祥地之一。
2、南京師范大學金陵女子學院（Nanjing Normal University Ginling College）是江蘇省唯一的一所公辦女子學院，是全國辦學層次最高的女子學院，承擔女子精英人才培養、婦女研究和對外交流多重任務。