1、來源不同
蛋白粉和奶粉的來源不同，這是他們之間最明顯的區別，奶粉是以新鮮牛奶或者羊奶為主要原料去掉水分，經現代高科技提純技術以后得到的粉末狀物質，它能為人體補充豐富營養，可以代替母乳供嬰幼兒食用。蛋白粉則是乳清蛋白和大豆蛋白或乳清蛋白的混合體，它是從蛋清或大豆中提取出的一種營養素。
2、成分不同
成分不同是蛋白粉和奶粉之間最重要的區別，蛋白粉中含有大量蛋白質，雖然奶粉中也含有一定數量的蛋白質，但蛋白粉中蛋白質的含量是奶粉中蛋白質含量的二倍還要多，但蛋白粉中其他營養成分的含量卻比較少，而奶粉中除了含有蛋白質以外，還含有脂肪和微量元素以及多種礦物質。
3、功效不同
蛋白粉和奶粉的功效也有一定區別，蛋白粉的主要功效是為人體補充豐富蛋白并代替動物蛋白使用，能減輕人類腎臟負擔病能滿足人體正常代謝時對蛋白質的需要，而奶粉最重要的功效是為人體補充均衡的營養，它能促進人類身體發育并能增強大腦功能也能提高身體素質緩解體虛。
4、含鈣量不同
蛋白粉和奶粉在含鈣量上也有明顯區別，因為鈣是奶粉中含量最高的一種礦物質，而蛋白粉中微量元素鈣的含量則比較低，它主要能為人體提供蛋白質，其他微量元素幾乎不存在，而奶粉中不但含有豐富微量元素鈣，還含有一些能促進人體對鈣吸收的磷，人們食用奶粉后能促進骨骼發育，食用蛋白粉，在這方面的功效并不明顯。